15 ตุลาคม พ.ศ. 2559 สมเด็จพระราชาธิบดีจิกมี เคเซอร์ นัมเกล วังชุก ได้เสด็จพระราชดำเนินเยือนราชอาณาจักรไทย พร้อมด้วย สมเด็จพระราชินีเจตซุน เพมา วังชุก และเจ้าชายจิกมี นัมเกล วังชุก มกุฎราชกุมาร เพื่อทรงร่วมพระราชพิพีทรงบำเพ็ญพระราชกุศล และเสด็จพระราชดำเนินมาถวายความอาลัยในวันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ. 2559 ทรงวางพวงมาลาถวายราชสักการะ หน้าพระบรมโกศพระบรมศพพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช บรมนาถบพิตร ณ พระที่นั่งดุสิตมหาปราสาท ในพระบรมมหาราชวัง ทรงมีพระราชสาส์นถวายความอาลัยมีใจความตอนหนึ่งว่า

ทรงเป็นผู้นำที่ยอดเยี่ยม ทรงเป็นต้นแบบ และทรงยํ้าถึงความสัมพันธ์ระหว่าง ราชวงศ์ไทยและราชวงศ์ภูฏาน การเสด็จสวรรคต จึงเป็นสิ่งที่ประชาชนชาวภูฏานทั่วประเทศ เสียใจอย่างยิ่ง— สมเด็จพระราชาธิบดีจิกมี เคเซอร์ นัมเกล วังชุก

นับตั้งแต่วันแรกของการเสด็จสวรรคตของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช บรมนาถบพิตร สมเด็จพระราชาธิบดีจิกมี เคเซอร์ นัมเกล วังชุก ได้ทรงนำพระบรมวงศานุวงศ์ ข้าราชบริพาร ข้าราชการระดับสูง ร่วมสวดมนต์และจุดเทียนหนึ่งพันเล่ม ณ พระมหาวิหารเกนราแห่งทาชิโชซอง ในกรุงทิมพู เมืองหลวงของประเทศภูฏาน และ 7 วันต่อเนื่อง ที่วัดทั่วประเทศในภูฏาน จัดพิธีสวดมนต์ บำเพ็ญพระราชกุศล และจุดเทียน ตามขนบธรรมเนียมเพื่อร่วมถวายความอาลัย บรรยากาศในพิธีสะท้อนถึงความตั้งใจของชาวภูฏาน ทั้งเด็กนักเรียน ข้าราชการ พ่อค้าประชาชน Jitzen นักเรียนชาวภูฏาน กล่าวว่า

เธอรับรู้ตลอดมาว่าในหลวงรัชกาลที่ 9 คือ พระมหากษัตริย์ที่ทรงงานหนักเพื่อคนไทยด้วยความรัก เธอจึกรักพระองค์ เช่นเดียวกับการรักพระมหากษัตริย์ของภูฏาน— Jitzen

พีธีนี้ นอกจากจะเปิดโอกาสให้ชาวภูฏานได้ร่วมแสดงความอาลัย ยังกลายเป็นพิธีที่มีความหมายอย่างยิ่ง สำหรับชาวไทยในภูฏาน บรรยากาศและผู้คนในพิธี เต็มไปด้วยความอบอุ่น เสมือนการปลอบประโลม โอบกอดหัวใจของชาวไทยในภูฏาน ในห่วงเวลาแห่งความสูญเสีย คนไทยในภูฏานบางคนได้มีโอกาสเข้าเฝ้า สมเด็จพระราชาธิบดีจิกมี เคเซอร์ นัมเกล วังชุก ระหว่างที่เสด็จพระราชดำเนิน ไปร่วมสวดมนต์และบำเพ็ญพระราชกุศล ณ พระมหาวิหารเกนราแห่งทาชิโชซอง นอกจากภาพคุ้นตาของชาวไทยที่ สมเด็จพระราชาธิบดีจิกมี เคเซอร์ นัมเกล วังชุก เข้าเฝ้าพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช บรมนาถบพิตร พระองค์ยังเคยเสด็จพระราชดำเนินเยือน ณ จังหวัดเชียงใหม่ เพื่อศึกษาแนวทางพระราชดำริ การพัฒนาบนยอดดอยอินทนนท์และยอดดอยอางขาง ข้อมูลเหล่านี้ถูกนำกลับไปปรับใช้บนพื้นที่ภูเขาสูง และทำการเกษตรของชาวภูฏาน นี้จึงเป็นคำตอบที่พระมหากษัตริย์แห่งภูฏาน ตลอดพสกนิกรของพระองค์ มีความรักความผูกพัน และอยู่เคียงข้างปวงชนชาวไทย ทั้งในยามสุขและยามทุกข์ ตลอดมา[12] [13]